頭頸腫瘤外科成立于1986年,是目前我省規模最大、綜合實力最強的頭頸腫瘤外科專業科室,也是江西省抗癌協會頭頸腫瘤專業委員會、甲狀腺腫瘤專業委員會的掛靠及主委單位,主要診治的疾病有:甲狀腺、涎腺、咽喉、口腔頜面、鼻腔副鼻竇、眼球眼眶、頜骨等部位良惡性腫瘤。
頭頸腫瘤外科分為二個病區,開放床位為105張,現有醫生19名,其中主任醫師人,副主任醫師人;博士人,在讀博士、碩士人。是南昌大學醫學碩士點,有碩士生導師人。整體技術水平達到國內先進水平。
診治的疾病有:口腔頜面、鼻腔副鼻竇、眼球眼眶、頜骨、甲狀腺、涎腺、咽喉、等的良惡性腫瘤,以及位于頭頸部的其它各種良惡性腫瘤如神經鞘瘤、咽旁間隙腫瘤、頭皮癌等。在省內率先開展了頦下島狀皮瓣及鎖骨上動脈皮瓣的修復手術。